Корінь стрижневий з великими відгалуженнями і численними тонкими корінцями. Стебло тонке, прямостояче, з восковим нальотом. Листя численне, розташоване по спіралі. Квіти п'ятичленні, пелюстки віночка блакитні, рідше рожеві або білі. Плід - приплюснуто-куляста коробочка з 10 яйцевидними нерівнобокими насінинами. Цвітіння триває 5-10 днів в залежності від густоти посівів і вологості повітря. Блакитні, синюваті, рідше фіолетові, рожеві або білі квітки зібрані в зонтиковидну кисть. Вони досить великі діаметром 15-21 мм, правильної форми, розгойдуються на довгих квітконіжках. Квітів на стеблі дуже багато, на 1 кв.м посіву льону налічується до 6 тис. квіток. Ці двостатеві квітки пристосовані для перехресного запилення комахами. Перехресне запилення грає найважливішу роль. Проведені досліди показують, що бджолозапилення льону дозволяє підвищувати врожай майже на 50%.

Медопродуктивність 1 га посівів складає близько 15 кг. Бджоли охоче відвідують квітки з 7 до 12 год. Їх приваблює запах нектару, якого виділяється цілком достатньо для підтримуючого медозбору. На 1 га посівів льону припадає близько 60 млн квіток. Кожні 100 квіток виділяють 20-30 мг нектару.

Плоди у льону представляють кулясті коробочки, причому кожне гніздо неповною перегородкою розділяється на напівгнізда з однією насінинкою.